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Markdown wurde mit den Grundgedanken konzipiert, so einfach lesbar und schreibbar wie möglich zu sein.

Lesbarkeit ist hierbei das oberste Ziel. Ein Markdown-formatiertes Dokument sollte in seiner Grundform veröffentlicht werden können, ohne den Anschein zu erwecken, es sei mit Tags oder Formatierungsbefehlen versehen (wie es bei HTML der Fall ist).

Markdown wurde von verschiedenen Text-zu-HTML-Filtern beeinflusst, darunter Setext, atx, Textile, reStructuredText, Grutatext, und EtText. Die größte Quelle der Inspiration für Markdowns Syntax ist aber die Formatierung von Nur-Text E-Mails.

Dementsprechend besteht Markdowns Syntax nur aus Zeichen, die mit Bedacht so gewählt wurden, dass ihr Aussehen ihrer Bedeutung entspricht. Zum Beispiel sehen Sternchen um ein Wort tatsächlich wie eine *Betonung* aus. Listen in Markdown sehen aus wie Listen. Sogar Zitat-Blöcke sehen wie zitierte Textpassagen aus, wie man sie aus eMails kennt.